相互リンクに関しては、各サイト運営者さんによって考え方が異なりますので、一概にこうだとは言い切れないのですが、一般的な注意点を書いてみます。

●まず、相手が相互リンクを受け付けているかどうかをちゃんと確認してから申し込む。（受付停止中なのに申し込むのは迷惑になりかねません。）

●申し込む方法ですが、管理人さんは、メールor掲示板のどちらでの連絡を望んでいるか確認して、必ずその方法で行う。
私は基本的に相互リンク関係はずべてメールでお願いしています。（ですが、たまにそのお願いを読まず、掲示板で申し込んでくる人がいますが困ります。）

●必ず自分のサイトに、相手サイトへのリンクを貼ってから申し込みをする。（※リンクフリーでないサイトの場合はお断りをしてからリンクを貼るほうがよいでしょう。）

●一括送信メールや、コピー＆ペーストの文章での依頼は失礼なのでやめる。
（一括送信のメールで相互リンク希望をされると、「ああ、別に私のサイトでなくても、どこでもいいんだろうな」と思えてしまいます。）

●大きなサイトの管理人さんはたいてい忙しいものなので、すぐに返事を要求するような無理をしない。
（××日までにしてください、などは失礼です。）

●豆粒のような小さい文字でずら～っと羅列してあるリンク集に加えてもらっても正直メリットはありません。自分のサイトのほうが規模が小さい・アクセス数が少ないと感じる場合は、目立つように大きくリンクを貼ったりして、相手へのアクセスを流せるような努力をしたほうがよいと思います。（参考：こちら）

基本的に、「自分のサイトへのアクセスだけが目当て」と感じられるような依頼はマナー違反だと思います。
自分のサイトから相手サイトへ与えられるメリットを考えましょう。（win-winの関係ですね。）